При вскрытии погибших от желтой лихорадки обнаруживаются резко выраженное трупное окоченение, желтушное окрашивание синюшной кожи, склер, подкожной жировой клетчатки. На серозных оболочках, в различных органах и в особенности на слизистой кишечника и желудка постоянно обнаруживаются множественные кровоизлияния различной величины.
В полости желудка и кишечника содержится изменившаяся, темного цвета, кровь.
Печень обычно нормальной величины или слегка увеличена, тестоватой консистенции; на разрезе ткань ее с желтоватым оттенком.
Селезенка не увеличена, полнокровная.
Мышца сердца дряблая, на разрезе тусклая, с многочисленными участками желтоватого цвета.
Почки обычно увеличены, капсула напряжена. Ткань почек желтоватого цвета, граница коркового слоя с мозговым стерта.
В паренхиме почек и слизистой лоханок обнаруживаются множественные кровоизлияния. Слизистая почечных лоханок желтушная.
Оболочки и вещество головного-мозга полнокровны, местами обнаруживаются мелкие кровоизлияния. При микроскопическом исследовании основные изменения обнаруживаются в печени и почках.
В печени наблюдаются резко выраженные явления белковой и жировой дистрофии и гиалиновый некроз печеночных клеток. Некротизированные гиалинизированные клетки известны под названием телец Каунсильмана.
Несмотря на весьма выраженные некрозы, при выздоровлении печеночные клетки восстанавливаются за счет регенерации, и развития цирротических процессов в печени не наблюдается.